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El proceso de Investigación y Diagnóstico Microbiológico es el responsable de coordinar con la autoridad Institucional el planteamiento, ejecución, supervisión técnica y administrativa de la investigación y diagnóstico microbiológico con aplicación a vigilancia epidemiológica, control, docencia, entrenamiento, capacitación y referencia. Es la cabeza de la Red Nacional de Laboratorios en el gran contexto de la microbiología, actividades que son ejercidas por los subprocesos o laboratorios de: Bacteriología, Parasitología, Micología, Mycobacterias, Leptospirosis, Virología, Entomología, Medios de Cultivos.
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 Bacteriología
Se encarga de promover, diseñar, ejecutar y evaluar los criterios técnicos de diagnóstico microbiológicos de las enfermedades bacterianas.
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Leptospirosis
Se dedica exclusivamente al diagnóstico e investigación de la leptospirosis, enfermedad endémica producida por la bacteria leptospira.
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Virología
Se encarga de analizar las muestras de virus en los pacientes, para luego procesar e interpretar correctamente los resultados.
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Parasitología
Se encarga de realizar exámenes de diagnóstico parasitológico e inmunológico de diferentes parasitosis.
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Entomología
Se encarga de realizar actividades de identificación, seguimiento y control de enfermedades infecciosas y tropicales.
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Micología
Se dedica al diagnóstico e investigación de las enfermedades producidas por hongos.
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Micobacterias
Se encarga de diagnosticar el agente etiológico de la tuberculosis, lepra y otras micobacterias
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Esterilización y Medios de Cultivo
se dedica a la producción de Medios de Cultivo, Reactivos, Colorantes y soluciones diversas.
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